Sur le thème de l'homme et la mer, le Musée de la Mer illustre l'évolution de la pêche, du transport et de la navigation dans le golfe. Une section est consacrée aux naufrages et autres faits marquants de l'histoire des Îles. Le Musée de la Mer se doit d’être un « moteur de transmission » auprès de la communauté madelinienne et des visiteurs ayant soif de découverte : D’une part, pour faire connaître les richesses patrimoniales, le savoir-faire ancestral, le peuplement insulaire et l’évolution socio-culturelle de l’archipel madelinot. D’autre part, pour renforcer le sentiment d’appartenance à une culture des plus singulières, en complément de l’héritage familial reçu.